Первая очередь очистных сооружений мощностью 2500 куб. м на заводе «Балтика-Самара» в сутки была запущена еще в 2003 году, в ее строительство компания вложила около 3,8 млн долларов. Строительство их второй очереди было начато в 2006 году в связи с увеличением производственных мощностей предприятия. Сегодня очистные сооружения филиала могут очистить до 7500 кубометров в сутки.
Общая стоимость второй очереди очистных сооружений обошлась компании в 8,5 млн евро.
На очистных сооружениях завода используется современная технология биологической очистки сточных вод. Она происходит благодаря жизнедеятельности бактерий – активного ила. Использованная в производстве вода проходит через многоступенчатую систему очистки, включающую в себя анаэробный и аэробный реакторы, освобождаясь от отходов пивопроизводства: углеводородов, жиров, аминокислот и так далее. Анаэробный метод очистки, примененный в проекте, в России используется редко. Биологические очистные сооружения филиала «Балтика-Самара» позволяют проводить очистку сточных вод до уровня, соответствующего по своим качествам нормативам предельно допустимых концентраций рыбохозяйственных водоемов.