На первом этапе строительства моста выявлены серьезные замечания, в связи с которыми возникла необходимость утверждения нового класса водного пути с изменениями параметров строительства.
Утвержденные ранее параметры Фрунзенского моста составляли 12,5 м в высоту и 120 м в ширину. Эти параметры соответстуют IV классу. Однако в проектной документации моста указывается II класс. В связи с этим требуется полное изменение документации, которое на деле отразится на значительном увеличении подмостовых габаритов. В итоге, стоимость работ по возведению Фрунзенского моста резко возрастёт.
Министерство транспорта уже направило письмо в Федеральное агентство морского и речного транспорта для утверждения нового класса водного пути.